A Associação Cemitério dos Protestantes tem como meta a preservação ambiental em todas as suas sedes. Para isso, uma série de medidas de cuidados ambientais são tomados para evitar a poluição de lençóis freáticos e a erosão de terrenos.

Uma das ações é a reciclagem das flores das coroas e de folhas e galhos do local, que se tornam adubo orgânico para os jardins.

Para evitar a poluição do lençol freático, a pavimentação é drenante, absorvendo 78% da água precipitada. Assim, a água poluida não chega até o lençol.

Outro cuidado da Associação é manter o máximo possível da fauna e da flora originais nos terrenos.

Atualmente, a Associação possui quatro cemitérios na capital paulista e um em Itapecerica da Serra, também em São Paulo.